5月29日，菲律宾调查小组由台湾检方陪同，对停靠在屏东东港一造船厂内的“广大兴28号”进行勘验鉴识。图为菲律宾国家调查局（NBI）人员手持放大镜，对船身弹孔进行鉴识。

    菲律宾海岸警卫队拍摄的枪击台湾渔船事件现场录像显示，涉案的菲海岸警卫队员当时一边开枪射击渔船一边在笑。

    5月9日，台湾渔船“广大兴28号”遭菲律宾公务船上的海岸警卫队队员枪击，65岁船员洪石成中弹身亡。菲律宾英文报章《每日问询者报》6月2日在头版头条位置刊登题为“他们边开枪边笑”的报道称，一位看过菲海岸警卫队所拍现场录像的消息人士透露，录像显示，菲海岸警卫队员的行为“不专业”，他们一边开枪射击台湾渔船一边却在笑。

    该名要求匿名的消息人士称，这令菲律宾的执法人员感到“不安”与“尴尬”。在菲总统阿基诺下令国家调查局介入调查后，菲海岸警卫队把录像资料交给了国家调查局。菲司法部长德利马曾对外宣称这段录像非常“能揭示真相”，但却拒绝公布具体内容。“也许正是因为这段录像‘很能揭示真相’，才导致德利马最初拒绝让台湾调查人员共享，造成菲律宾国家调查局人员赴台调查行程推迟”，“直到德利马同意让台湾调查人员观看这段录像，台湾方面才对菲律宾调查人员放行”。

    菲海岸警卫队人员此前一直声称开枪射击是为了打船上的机器，这名消息人士则声称，菲调查人员勘验了遭枪击的台湾渔船，在渔船发动机舱未发现弹孔，“可能是因为(海岸警卫队队员)不知道发动机舱所在的位置”。

    5月31日，菲律宾调查人员结束在台湾的调查。菲国家调查局调查小组表示，会在“一到两天内”完成调查报告。菲司法部长德利马则称，菲当局下一步将根据国家调查局报告建议采取行动，如果报告建议对海岸警卫队相关人员提起检控，菲律宾会根据本国法律进行。

    菲律宾总统府6月1日则表示，菲总统府仍在等待国家调查局有关枪击渔船事件的报告。菲总统副发言人华尔特在接受政府电台采访时表示，菲国家调查局完成报告后会先交给司法部长德利马，由德利马呈报给总统阿基诺。